O mapeamento conceitual foi utilizado como uma ferramenta para verificar as mudanças conceituais de estudantes de Ensino Médio após a realização de atividades didáticas desenvolvidas durante as aulas de Química. O objetivo pedagógico a ser atingido foi romper as fronteiras que segregam o conhecimento científico em disciplinas isoladas. Os estudantes foram intencionalmente provocados a relacionar conceitos de Química e de Biologia, a fim de compreender melhor e explicar as conseqüências biológicas da isomeria. Os mapas conceituais elaborados pelos estudantes, antes e após as atividades propostas, evidenciaram o aparecimento de relações entre conceitos químicos e biológicos, que foram avaliadas qualitativamente. Este trabalho mostra que os mapas conceituais podem ser utilizados como ferramentas para auxiliar o professor na realização de práticas didáticas interdisciplinares na escola, bem como para acompanhar o progresso dos estudantes em direção à interdisciplinaridade.<br>Concept mapping was used as a tool for checking the conceptual changes caused by didactic activities implemented during chemistry classes in high school. Its pedagogical aim was to break down the boundaries, which segregate scientific knowledge into isolated disciplines. The students were intentionally provoked to merge concepts from chemistry and biology, in order to better understand and explain the biological consequences of isomerism. The concept maps produced by the students before and after the activities confirmed the appearance of relationships among chemical and biological concepts, which were qualitatively evaluated. This work shows that concept maps can be used to follow the students' progress towards interdisciplinarity, and to help the teacher to devise future classroom activities to reinforce and to expand interdisciplinary relationships.