Discute-se o papel da reflexão teórico-pedagógica em pesquisas acadêmicas sobre desenvolvimento de materiais educacionais informatizados para o ensino de ciências naturais e da saúde. Nosso objetivo foi: (a) identificar as concepções teóricas de educação presentes em cinco dissertações e uma tese, apoiadas pelo Programa de Apoio à Pesquisa em Educação a Distância (PAPED), que apresentaram como objetivo o desenvolvimento de materiais de aprendizagem baseados em computador para ensino presencial e/ou a distância dessas áreas; (b) observar a relação entre essas concepções e a descrição dos materiais; (c) comparar essas relações, no que concerne à coerência entre o desenvolvimento proposto e o aporte teórico apresentado na pesquisa. Por meio da análise de conteúdo, foi possível identificar diferentes concepções de professor, aluno e processo de ensino-aprendizagem, assim como relações entre essas concepções e as características dos materiais descritos. Verificamos contradições tanto em relação às concepções teóricas dos autores, quanto em relação à transposição da teoria para os materiais descritos.<br>In this article, we discuss the role of theoretical and pedagogical analysis in academic research projects on the design of educational materials for science and health education. Our aim was: (a) to identify theoretical conceptions of education that are present in five masters theses and one doctoral dissertation selected by the Research Program on Distance Education (PAPED), on the development of computer-based material for instruction in those areas; (b) to observe the relationship between these conceptions and the description of the materials; (c) to compare these relationships with respect to the coherence between the proposed design and the theoretical view presented in the research. Using content analysis, we have identified different conceptions of teacher, student, and the teaching-learning process, as well as relationships between these conceptions and the features of the materials described. We observe some contradictions not only in those authors' theoretical conceptions but also in the transposition of the theoretical frameworks onto the materials described.