O artigo apresenta os fundamentos da interelação entre questões ontológicas, epistemológicas, metodológicas e técnicas da pesquisa “A educação virtual nas Instituições de Ensino Superior: uma proposta interpretativa”, financiada pela Fundação Universitária os Libertadores da Colômbia (2009-2010); aporta uma prudente reflexão no campo da pesquisa educativa no contexto da chamada Educação Virtual; identifica aspectos de análise que procuram contribuir com o rigor e a coerência nas práticas de construção de conhecimento neste tipo de pesquisas. A reflexão é oportuna diante da crise epistemológica contemporânea que levou a interpelar a natureza mesma da ciência, além da oportunidade de utilização dos conhecimentos que ela produz, nos sistemas que hoje se reconhecem ausentes de neutralidade.