Com a implantação de cursos de licenciatura em Matemática e em Física na modalidade de ensino a distância, em 2005, na Universidade Federal de Santa Catarina, destacou-se a preocupação com a avaliação de tais cursos, a fim de viabilizar uma prática avaliativa sistematizada destes cursos. Assim, paralelamente ao trabalho das equipes que planejavam os cursos de licenciatura, foi instituída uma comissão, no âmbito do Centro de Ciências da Educação e do Centro de Ciências Físicas e Matemática, para pensar a avaliação dos cursos. Um modelo de avaliação foi elaborado e colocado em prática desde então. O modelo tem como idéia primordial a integração das vertentes de avaliação e de pesquisa, garantindo abarcar as dimensões quantitativa e qualitativa dos cursos. O objetivo neste artigo é apresentar, discutir e analisar o modelo de pesquisa e avaliação que até este momento tem orientado a realização das avaliações e pesquisas, relativas à implementação dos cursos de Licenciatura em questão.<br>The implementation of undergraduate distance learning programs in Mathematics and Physics in 2005, at the Federal University of Santa Catarina, brought about concerns related to quality and excellence in distance education, resulting in the need of a systematized practice of evaluation. Thus, along with the work of the groups planning the programs, a committee was instituted, encompassing the Education, Mathematics and Physics Departments. An evaluation design was worked out and put into practice since then. The design has as its main idea the integration of evaluation and research areas, asserting the accomplishment of the quantitative and qualitative dimensions of the programs. The purpose of this article is to present, discuss and analyze the evaluation and research design which, up to this moment, has guided the studies related to the implementation of the distance learning bachelor programs.